zoom.data_loader.load_sc

zoom.data_loader.load_sc(adata: PathLike | anndata.AnnData, flag_sparse: bool) → anndata.AnnData[source]

Load and check scRNA-seq file (.h5ad).

Parameters:

adata (str or AnnData) – Path to .h5ad file or AnnData object
flag_sparse (bool) – If True, enforce adata.X to be a sparse matrix

Returns:

adata – AnnData object containing scRNA-seq data.

Return type:

ad.AnnData